In der etwa fünf Kilometer von der Stadt entfernten Höhle "Cueva de Nerja" wurden Zeugnisse von menschlicher Besiedlung aus der Altsteinzeit gefunden.

Im Dorf Maro, vier Kilometer östlich von der Stadt Nerja gelegenen, wurden Überbleibsel der römischen Siedlung Detunda entdeckt.

Die Mauren bauten etwas weiter landeinwärts, als es die heutige Stadt ist, die ersten Gebäude.

Erste schriftliche Hinweise auf den Namen Nerja kommen von dem Geschichtswissenschaftler Almacarri de Tremecen und dem arabischen Poeten und Geographen Ibn Sadí um das Jahr 917, mit der Ortsbezeichnung Nerja, Naricha, Narixa oder Narija und der Bedeutung »(reiche) Wasserquelle«.

Die Mauren bauten auch eine kleine Festungsanlage an der Küste. Nachdem der Herzog von Nájera die Stadt Vélez-Málaga im Jahr 1487 eroberte, ergab sich Nerja widerstandslos der christlichen Herrschaft.

Im Jahre 1509 wurde der Bau einer kleinen Festung in der Stadt Nerja vollendet. Sie wurde auf einer Klippe errichtet und stand nicht an derselben Stelle wie die Festung der Mauren. Die Festung sollte zum Schutz vor Angriffen der Berber dienen. Im 16. Jahrhundert sind viele arabischstämmige Einwohner weggezogen oder wurden vertrieben. Dies geschah vor allem durch die Neuansiedlung von Altchristen aus Vizcaya, Galicien, Valencia, Sevilla und anderen Teilen Andalusiens, aber auch durch den Morisken-Aufstand 1568.

Im Unabhängigkeitskrieg 1812 wurde während der Besetzung durch napoleonische Truppen die kleine Festung von der britischen Flotte zerstört.

Am 25. Dezember 1884 erschütterte ein großes Erdbeben weite Teile der Axarquía (der östliche Teil der Provinz Málaga) und Teile der Provinz Granada. Bei dem Erdbeben waren insgesamt 900 Tote, einer davon in Nerja, zu beklagen. In Nerja wurden viele Häuser zerstört. Auf Grund des Erdbebens besuchte Alfonso XII am 20. Januar 1885 die Stadt und hielt auf dem Platz, auf dem die ehemalige Festung stand und der damals schon "Balcón de Europa" genannt wurde, eine Rede. Der Platz wurde daraufhin sehr bekannt. Heute steht eine Statue Alfons XII in Lebensgröße auf dem Platz.

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